A Auditoria Geral do Estado (AGE) foi criada pela Lei Complementar nº. 3.932, em maio de 1987, e incluída na estrutura organizacional do Poder Executivo no primeiro nível hierárquico do Governo. Após 17 anos de criação da AGE, a Lei Complementar nº. 295/04 reorganizou o controle interno redefinindo as competências, finalidades e estrutura organizacional, de acordo com o dispositivo contido no artigo 74, da Constituição Federal de 1988, que ampliou a competência do controle interno.

Em 2003 a AGE passou por uma grande reformulação. Por meio da Lei Complementar nº 478, publicada no dia 17 de março de 2009, no Diário Oficial do Estado, a Auditoria Geral do Estado passou a denominar-se Secretaria de Controle e Transparência (Secont), ampliando suas atribuições e estrutura organizacional para implementação de novos mecanismos de controle e transparência por meio do Portal da Transparência e de outras ações governamentais. Dentro da nova estrutura da Secont, os cargos de auditor geral do Estado e auditor geral adjunto passaram a ter nova denominação: secretário de Estado de Controle e Transparência e subsecretário de Estado de Controle. Também foi criada a Subsecretaria de Estado da Transparência e o cargo de subsecretário de Estado da Transparência. Esta subsecretaria é responsável pelo gerenciamento do Portal da Transparência do Governo do Estado, entre outras atribuições.

Em 2017, a Lei Complementar nº 856 modernizou o Sistema de Controle Interno.  A lei estabeleceu a padronização das normas internas de procedimento e a adoção do sistema de três linhas de defesa, reconhecido internacionalmente por sua capacidade de melhorar a gestão, diminuir a burocracia e evitar o desperdício de recursos públicos. Um dos diferenciais do modelo é estabelecer que o controle interno é responsabilidade de todos no setor público, em suas rotinas diárias. Além disso, a metodologia prioriza a identificação de riscos, antecipando e prevenido a ocorrência de irregularidades. No mesmo ano a lei foi regulamentada, definindo as funções da primeira e da segunda linha de defesa e criando Unidades Executoras de Controle Interno (UECI) em todos os órgãos e entidades do Poder Executivo Estadual.

A Secont éo órgão central do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Estadual, e entre suas finalidades,  previstas na Lei Complementar nº 856/2017,  destacam-se: 

• A implementação de procedimentos de prevenção e de combate à corrupção;
• A gestão da política de transparência pública do Estado;
• A ampliação dos mecanismos de controle dos recursos públicos, mediante a abertura de canais de comunicação direta com a sociedade; 
• A coordenação das atividades relativas à apuração das responsabilidades do servidor público por infração praticada no exercício de suas atribuições; 
• A avaliação do cumprimento das metas previstas na Lei de Diretrizes Orçamentárias e no Plano Plurianual e a execução dos programas de governo e dos orçamentos do Estado; 
• Comprovar a legalidade, a legitimidade e a economicidade e avaliar os resultados, quanto à eficácia, eficiência e efetividade, da gestão orçamentária, financeira, patrimonial e operacional dos órgãos e entidades do Poder Executivo Estadual.

A Secont tem como competências exercer a supervisão técnica dos órgãos que compõem o Sistema de Controle Interno, prestando orientação normativa; auxiliar a implementação de procedimentos de prevenção e combate à corrupção, bem como a política de transparência da gestão; determinar a instauração de tomada de contas, para apuração de fatos, identificação dos responsáveis e quantificação pecuniária do dano; e gerir o Portal de Transparência do Governo do Estado.